Arrêt maladie des pharmaciens libéraux : combien sont-ils indemnisés et qu'est-ce qui pourrait changer en 2027 ?

• Lorsqu'un pharmacien adjoint tombe malade, il relève du régime d'indemnisation des salariés, complété, le cas échéant, par les garanties de la convention collective de la pharmacie d'officine. Pour un pharmacien titulaire exerçant à titre libéral, les règles sont différentes.
• Depuis le 1er juillet 2021, les pharmaciens libéraux affiliés à la Caisse d'assurance vieillesse des pharmaciens (CAVP) bénéficient, comme les autres professionnels relevant de la CNAVPL, d'une couverture obligatoire en cas d'incapacité temporaire de travail.
• Ce dispositif, créé à la suite de la crise sanitaire, permet de percevoir des indemnités journalières versées par l'Assurance maladie pendant les trois premiers mois d'arrêt. Il repose sur une cotisation spécifique recouvrée par l'Urssaf.
• Sa situation financière conduit aujourd'hui les pouvoirs publics à envisager des modifications. Dans un référé publié le 9 novembre 2026, la Cour des comptes demande le rétablissement de son équilibre financier avant la fin de l'année.

Un pharmacien titulaire malade : quelles démarches pour être indemnisé ?

Le versement des indemnités journalières n'est pas automatique. Pour ouvrir ses droits, le pharmacien libéral doit remplir plusieurs conditions.

Il doit notamment justifier d'au moins douze mois d'affiliation continus au titre de son activité professionnelle. Son état de santé doit l'empêcher temporairement de travailler, cette incapacité devant être constatée par un professionnel de santé habilité à prescrire un arrêt.

Le pharmacien doit également interrompre effectivement son activité professionnelle pendant la période prescrite.

Si l'arrêt est établi sur papier, le professionnel dispose de 48 heures pour adresser les volets 1 et 2 à sa caisse primaire d'assurance maladie (CPAM). Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté. L'Assurance maladie examine ensuite les droits de l'assuré et procède au versement des indemnités, en moyenne tous les quatorze jours.

Trois jours de carence avant la première indemnisation

En novembre 2026, les pharmaciens libéraux doivent attendre le quatrième jour d'arrêt pour commencer à percevoir leurs indemnités journalières. Les trois premiers jours ne sont pas indemnisés, sauf exceptions prévues par l'Assurance maladie.

Un pharmacien arrêté pendant sept jours peut donc percevoir quatre indemnités journalières, à condition de remplir les critères d'ouverture des droits.

Pour un arrêt de quinze jours, douze journées peuvent être indemnisées.

Ce délai de carence s'applique en principe à chaque nouvel arrêt. Des exceptions existent, notamment lorsqu'un arrêt est prolongé après une reprise d'activité n'excédant pas 48 heures ou lorsque plusieurs arrêts sont liés à une même affection de longue durée, dans les conditions prévues par l'Assurance maladie.

Quel montant d'indemnités journalières pour un pharmacien libéral ?

L'indemnisation est calculée à partir du revenu professionnel et non du chiffre d'affaires réalisé par l'officine.

La CPAM retient le revenu d'activité annuel moyen (RAAM) soumis à cotisations au cours des trois années civiles précédant l'arrêt de travail.

Le calcul consiste à diviser ce revenu annuel moyen par 730.

Ainsi, pour un pharmacien libéral dont le revenu annuel moyen atteint 60 000 euros, l'indemnité journalière s'élève à environ 82,19 euros bruts.

Pour un arrêt de quinze jours, avec trois jours de carence, l'indemnisation théorique atteint environ 986 euros bruts au total.

Le montant reste toutefois plafonné. En 2026, le revenu annuel moyen pris en compte ne peut dépasser 144 180 euros, soit trois fois le plafond annuel de la Sécurité sociale.

L'indemnité journalière maximale s'établit donc à 197,51 euros bruts par jour.

La CAVP mentionne également un seuil de revenus ouvrant droit à cette indemnisation, fixé à 10 % du PASS, soit 4 806 euros pour 2026.

Les indemnités sont soumises à la CSG et à la CRDS. Elles entrent également, sauf exceptions notamment liées à certaines affections de longue durée, dans le revenu imposable du bénéficiaire.

Que se passe-t-il après 90 jours d'arrêt maladie ?

C'est l'une des principales limites du dispositif. Pour les professionnels libéraux relevant de la CNAVPL, les indemnités journalières sont versées pendant les 90 premiers jours d'incapacité de travail, après déduction de trois jours de carence. La durée maximale d'indemnisation atteint donc 87 jours pour un arrêt continu.

En cas de nouveaux arrêts, des indemnités peuvent être versées à nouveau dans les conditions du régime. La CAVP précise toutefois que le cumul ne peut dépasser 360 indemnités journalières sur une période de trois ans.

Au-delà des 90 premiers jours d'un arrêt continu, la CPAM cesse de verser les indemnités journalières prévues par ce dispositif.

La CAVP ne prend pas automatiquement le relais à partir du 91e jour.

Elle dispose en revanche de mécanismes distincts en cas d'incapacité prolongée ou d'invalidité, dont l'ouverture dépend de conditions spécifiques.

Ces dispositifs ne doivent pas être confondus avec les indemnités journalières versées pendant un arrêt maladie temporaire.

Pour un titulaire, une incapacité prolongée peut donc entraîner une diminution importante de ses ressources personnelles en l'absence de garanties complémentaires adaptées.

L'arrêt maladie du titulaire ne dispense pas d'organiser le remplacement

Contrairement à un pharmacien salarié, un titulaire d'officine doit aussi anticiper les conséquences de son absence sur l'exploitation de la pharmacie.

Le Code de la santé publique impose la présence effective d'un pharmacien pour assurer le fonctionnement de l'officine. Une pharmacie ne peut rester ouverte sans la présence pharmaceutique requise.

Selon la durée de l'absence, le remplacement du titulaire peut notamment être assuré par un pharmacien remplaçant régulièrement inscrit à l'Ordre, un cotitulaire, un pharmacien adjoint ou, dans certaines conditions et pour une durée limitée, un étudiant titulaire d'un certificat de remplacement.

Les règles changent selon que le remplacement dure moins d'un mois, entre un et quatre mois ou davantage. Les formalités ordinales doivent également être respectées.

• Pour un pharmacien titulaire arrêté plusieurs semaines, l'indemnisation personnelle par la CPAM ne règle donc pas la question des charges supportées par l'officine.
• Le salaire d'un remplaçant, les charges de personnel, le loyer, les échéances d'emprunt et les autres dépenses de fonctionnement continuent de peser sur l'entreprise.

Cette différence entre la protection du revenu personnel et la couverture des frais professionnels doit être prise en compte lors du choix d'un contrat de prévoyance complémentaire.

Pourquoi le régime d'indemnisation pourrait-il être modifié ?

La protection obligatoire des professionnels libéraux présente un déséquilibre financier persistant.

Selon la Cour des comptes, les charges du dispositif ont atteint 213,6 millions d'euros en 2025, pour 145,7 millions d'euros de produits.

Le déficit de l'exercice s'établit à 67,9 millions d'euros. Au total, les déficits cumulés depuis 2021 représentent 309 millions d'euros à la fin de 2025. Ce montant concerne l'ensemble des professionnels libéraux affiliés à la CNAVPL, et non les seuls pharmaciens.

Une hausse des cotisations et huit jours de carence envisagés

Le conseil d'administration de la CNAVPL avait déjà arrêté des propositions le 3 juillet 2025.

• La première consiste à porter le taux de cotisation de 0,30 % à 0,40 % du revenu professionnel soumis à cotisation, dans la limite du plafond réglementaire.
• La seconde prévoit de repousser le début de l'indemnisation en portant le délai de carence de trois à huit jours.

Pour un pharmacien titulaire, ces deux évolutions auraient des conséquences différentes.

• La première augmenterait la cotisation annuelle destinée au financement des indemnités journalières.
• La seconde réduirait le nombre de journées indemnisées pour les arrêts de courte durée.

Avec un délai de huit jours, un arrêt de quinze jours ne donnerait plus lieu qu'à sept journées indemnisées, contre douze actuellement, si les autres paramètres demeuraient identiques. Ces propositions nécessitent toutefois une intervention réglementaire.

Prévoyance : une protection à examiner dès l'installation

Pour les pharmaciens qui envisagent de devenir titulaires, le fonctionnement de ce régime constitue un élément à examiner avant l'installation. Une couverture complémentaire peut permettre de réduire la perte de revenus pendant la période de carence, de prolonger l'indemnisation au-delà des trois premiers mois ou de couvrir certaines charges professionnelles.

Tout dépend néanmoins des garanties souscrites, des franchises appliquées, des plafonds et des exclusions contractuelles. Cette question s'ajoute aux autres paramètres à étudier lors d'une installation en officine : financement, statut d'exercice, rémunération, charges fixes et organisation de l'équipe.